Le modèle d'erreur concerne:
1. la variabilité inter-individuelle (OMEGA)
2. la variabilité intra-individuelle ou résiduelle (SIGMA)
Pour la variabilité inter-individuelle, le modèle est détaillé dans le Block PK, paramètre par paramètre. Les valeurs initiales sont données dans le Block OMEGA.
Pour la variabilité intra-individuelle, le modèle est détaillé dans le Block ERROR. La ou les valeurs initiales sont données dans le Block SIGMA.
Pour chacune de ces variabilités, le modèle d'erreur peut prendre plusieurs formes:
1. additive
2. proportionnelle
3. mixte
Une troisième source de variabilité est la variabilité inter-occasion. Elle est détaillée dans le Block PK. Elle correspond au fait qu'un patient pu être vu plusieurs fois et qu'il présente des paramètres différents à chaque fois.