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Généralités sur les base de données avec nonmem

Organisation des données

Les données doivent être organisées de façon rigoureuses pour que Nonmem puisse modéliser.

Un seul tableau pour toutes les informations:
- administrations (doses administrées, schémas d'administrations, voies d'administration),
- variables dépendantes (concentrations, effets),
- variables décrivant les patients (numéro d'identification, covariables comme le poids...),
- variable de temps.

Selon les codes utilisés, les administrations seront faites :
- pour une administration unique, répétée ou à l'état d'équilibre,
- dans un compartiment ou un autre (intraveineux, intramusculaire, per os...),
- à débit constant ou non...

Ces informations peuvent changer d'un patient à un autre et pour un même patient, d'une occasion à une autre. On le voit cette propriété de nonmem en fait un outil extrêmement souple et capable de s'adapter à toutes les situations rencontrées en pratique. Cela le met régulièrement en avance par rapport aux autres logiciels concurrents.
Exemples de bases de données possibles:
- biodisponibilité mélangeant différentes voies d'administration,
- bases de données où certains patients peuvent être considérés d'emblée à l'état d'équilibre alors que d'autres seront au début de leur traitement (voire une prise unique).
En fait, je ne vois pas de cas non pris en charge par nonmem.

Toute erreur à ce niveau peut entraîner une impossibilité d'analyse ou pire, une analyse erronée. Il faut donc prévoir de vérifier la base de données AVANT de commencer!

L'expérience montre que la réalisation de la base de données représente un temps non négligeable.

Le principe général est que le tableau de données comporte une nouvelle ligne à chaque modification:
- de concentration (Pharmacocinétique) ou de mesure d'un effet (Pharmacodynamie),
- de dose,
- de valeur d'une covariable.

Les colonnes représentent :
- soit des variables liées au patient (numéro d'identification, covariables, concentrations, effet),
- soit des codes nonmen (compartiment d'administration),
- soit le temps...


Le fichier contenant les données à analyser est du type ASCII. Il contient plusieurs sortes d'informations:
des informations sur les administrations (dose, heure, fréquence, voie d'abord),
des informations sur les observations (concentration, effet),
des informations sur des covariables.

Chaque enregistrement doit contenir une valeur, 0 ou '.' le cas échéant.

La dose et les concentrations n'ont pas nécessairement les mêmes unité: il existe un paramètre pour mettre à l'échelle (S).

ex. : Dose en mg et Concentration en µg/L => S1 = V/1000

Les données doivent être séparées par des espaces et non des tabulations (*.prn sous excel) ou des virgules (*.csv) et non des points-virgules (excel).

L'ouverture de fichiers *.csv dans excel peut donner lieu à un message d'erreur (SYLK) qui pourrait être contourné en ajoutant un dièse (#) en début de la première ligne.

Lors d'administrations répétées, il peut être utile d'avoir une variable supplémentaire (colonne) destinée à remettre à temps=0 chaque administration (TAD). Notamment pour créer des graphiques.

Exemple de tableau de données
(descriptif des colonnes)

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